位于东京西部的巨()大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中()，实施着超能力开发()的特殊课程，学()生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。                                                                    　　高中生上条当麻，也是()住在学园都市的学生之一。他由于隐()藏在右手中()的力量——只要是异能之力，就连神的加护都()能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价()为名落孙山的“无能力”，过着充满不()幸的人生。                                                                    　()　而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修()女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世()界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入()了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双()方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最()大宗派罗马正()教，终于注意到上条的存在……。                                                                    　　如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗()争的人不断出现。那些通过与上条有所关联()，而使命运大为改变的“英雄”们。                                                                    　()　他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。                                                                    　　科学()与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！